马红孺教授从事理论物理学研究，曾在凝聚态理论的较宽的范围内从事研究，包括超晶格理论，一维准周期链理论，高 Tc 超导体磁通线理论，线性和非线性光学系数的从头计算，电流变液体理论, 软物质理论，开放量子系统，超颖材料 (Metamaterials) 等。发表论文 100 余篇，总引用 2700 余次，单篇最高引用 240 余次。承担国家自然科学基金、教育部跨世纪人才基金、国家杰出青年科学基金、上海市优秀学科带头人基金等重大科研项目7项。发表论文40余篇。2009年1月 受聘为上海交通大学物理系常务副系主任。曾开设并多次讲授研究生“高等统计物理”课程和本科生“计算物理”,“物理纵横”等课程。多次讲授“普通物理”，“热学”，“超导物理”，“超导理论”, “力学”, “电磁学”，“量子力学”，“热力学统计物理”，“计算凝聚态物理”，“凝聚态理论”等课程。开设“量子波澜”，“能源物理”，“热物理学的历史和演化”等通识课程。
